Dopo la caduta di Roma, la Puglia si è svolta successivamente dai Goti, Longobardi e, a partire dal VI secolo, i Bizantini. Bari divenne la capitale di una provincia che si estendeva alle moderne Basiliche, ed è stata governata da un catepano (governatore), da qui il nome di Capitanata del quartiere barese. Da 800 e poi, la dominazione saracena nella zona e stata intermittente, ma la Puglia è stata gran parte sotto l 'autorità bizantina fino al XI secolo, quando i Normanni conquistarono con relativa facilità.
Roberto il Guiscardo istituito il ducato di Puglia nel 1059. Dopo la conquista normanna della Sicilia alla fine del secolo XI, Palermo sostituito Melfi (a ovest di oggi Puglia), come il centro di potere normanno, e la Puglia è diventata una provincia semplice, prima del Regno di Sicilia, poi del Regno di Napoli.
Dalla fine dei XII secolo al primi XIII secoli, la Puglia era una residenza preferita degli imperatori Hohenstaufen, in particolare Frederick II. Dopo la caduta di erede di questo ultimo, Manfred, sotto la angioino e aragonese - dominazione spagnola Puglia è diventata ampiamente dominato da un piccolo numeri di proprietari terrieri potenti (Baroni).
Nel 1734 ci furono la battaglia di Bitonto, una vittoria spagnola sulle forze austriache. Il litorale è stato occupato a volte dei turchi e dai veneziani. Il francese ha anche controllato la regione nel 1806 - 1815, hanno comportato l 'abolizione del feudalismo e la riforma del sistema giudiziaria.